Unique names issue

Please advise what to do with this error. I was running unique.seqs(fasta=full.trim.contigs.good.unique.good.filter.fasta, count= full.trim.contigs.good.unique.good.filter.fasta) in batch mode and I get this message below.

unique.seqs(fasta=full.trim.contigs.good.unique.good.filter.fasta, count= full.trim.contigs.good.unique.good.filter.fasta)
[ERROR]: Your count table contains a sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT with a total=0. Please correct.
[ERROR]: Your count table contains a sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT with a total=0. Please correct.
[ERROR]: Your count table contains more than 1 sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT, sequence names must be unique. Please correct.
[ERROR]: Your count table contains a sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT with a total=0. Please correct.
[ERROR]: Your count table contains more than 1 sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT, sequence names must be unique. Please correct.
[ERROR]: Your count table contains a sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT with a total=0. Please correct.
[ERROR]: Your count table contains more than 1 sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT, sequence names must be unique. Please correct.
[ERROR]: Your count table contains a sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT with a total=0. Please correct.
[ERROR]: Your count table contains more than 1 sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT, sequence names must be unique. Please correct.
[ERROR]: Your count table contains a sequence named T---GC---GT-AG-GAG-----GCA-A-G--C--G--T--T--GT-C-CGG-AG---TT-A--C-T--GG-GC--GT--A---AA-GC-GT-GT---G-TA-G-G-C-G--G--T-GC-G-A-T----GC--G-T-C-C-------G-G-T--G--TG--A-AA-TC--T-C-CC-G-G-------CT-T-AC--C-T-G-G-G-A-G--G-G---G-G--C-A--T--C--------G--GA-T-A---C------G--G-T--CA--C-A-C-------T-T-G-A-G-G--G-----C-AT------CA-G-A----G-G-C-C---AG-T-----AG-A--ACT---C-C-C-G-GT--GG-A-C-CA-GT-G--A--A-A---TG-G-GT-AG--AG-A-TC--G-G-G-A-A-G-A-AT-A-CC-----AG--T--G--GT-GCA-G--A-C--G-------G--C-T-G-G---CTG---G--GG-T-G--------------------T-A--C-C-T--GA--CG-C-T-G-A-GA-C-A-CG-A--AA-G-C--A-TG--GG-G--AG-C-A-AA---------CA--GG-AT with a total=0. Please correct.

Hi there,

From the command you pasted, you are using a fasta file in the count argument rather than a count_table file.

Pat

oh dang! thank you Pat!

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