Não consigo colocar meus dados no mothur para usar o cluster.split

[AlessandraRS08]

Boa tarde!
sempre trabalhei com o mothur na plataforma do galaxy, porém devido aos dados que estou analisando agora migrei para o mothur mesmo.
Uso windows, e dei os mandos dir, mothur para colocar meus dados dentro do mothur e aparece a seguinte mensagem:
mothur > dir

//
Unable to open dir. Trying MOTHUR_FILES directory C:\dir.
Unable to open C:\dir. Trying mothur’s executable directory C:\dir.
Unable to open C:\dir.
[ERROR]: unable to open C:\dir batch file, please correct.
//

Com o comando mothur acontece o mesmo.
Quando tento com mothur.exe o promt de comando fecha e é criado um arquivo logfile com 0 kb na pasta onde esta o mothur e os arquivos.
Gostaria de sugestões para resolver esse problema.

[pschloss]

The best way to run mothur would be to put the mothur executable in the same directory as your data. Then use the command prompt tool (i.e. the command line) to change directories to that directory. Then run mothur.exe at the prompt to start mothur.

Pat