unique.seqs error message

Commands in mothur
1

After using the sff.multiple command to consolidate some.sff files I used the unique.seqs command and it came back with multiple error messages like the one below:

[ERROR]: You must already have a sequence named … in your fasta file, sequence names must be unique, please correct.

There were 11 sequence names that appeared to have been duplicated in my .sff files.

I’m not sure how to correct this. Should I search my .fasta and my .names output files for these 11 sequences and just delete them? Is it worth it to try to change the name of the sequence?

Many thanks.

2

Can you post the exact commands you ran?

3

I ran the following commands (this for 454 pyrosequencing data):

sff.multiple(file=sfffiles.txt)

unique.seqs() (the current files would have been sfffiles.fasta and sfffiles.names)

I did notice that the list I used for the .oligos file, based on what the sequence provider gave me, has a duplicate file in it. That is, the name listed for the .sff is identical, but the barcode is different:

barcode TGAAGCCT Sample_Name
barcode TCGCTCTT Sample_Name

I only have 1 .sff file by that name, so it looks like the sff.multiple command ran it twice.
How can I determine what is the correct barcode for that file? I’m not sure what program to use to open the .sff to be able to view the sequences (notepad doesn’t work).

4

If you run sffinfo(sff=yourSffFile), mothur will create a fasta file for you and you should be able to see which barcodes are on the sequences. Sff files are binary files so many of the characters are not printable, that’s why notepad is not a good option. If you just want to see the first few reads in the file, you could also try:

sarahwestcott$ more fileName.sff
“fileName.sff” may be a binary file. See it anyway? y

.sff^@^@^@^A^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^@^\S^CH^@^D^C ^ATACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTCAGTCAG^@^@ ^@^N^@^@^@U^@^E^@7^@^@^@^@GQY1XT001ED1GO^@^@^@h^@^B^@e^@^B^@^D^@e^@^B^@a^@^F^@l^@^K^@^@^@^F^@
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