How to plot PCoA from weighted unifrac distances?

Commands in mothur
1

Here I have another ‘graphical’ problem:

I have obtained from MOTHUR (MiSeq_SOP) the following distance matrix (coming from a weighted unifrac analysis):

20
F3D0      
F3D1        0.222664
F3D141      0.157368    0.293308
F3D142      0.180278    0.319198    0.0944511
F3D143      0.157659    0.290975    0.0545202   0.0761392
F3D144      0.199909    0.34045 0.104358    0.086418    0.089473
F3D145      0.207946    0.348532    0.107841    0.076302    0.0940067   0.051632
F3D146      0.117877    0.253996    0.0891617   0.130867    0.0882064   0.134407    0.138415
F3D147      0.197256    0.336583    0.102114    0.0764106   0.0890669   0.0514887   0.0479297   0.135324
F3D148      0.173824    0.311951    0.0606815   0.0648557   0.056463    0.074914    0.0811015   0.111996    0.0709027
F3D149      0.145614    0.276632    0.0462779   0.105512    0.0628737   0.10902 0.114584    0.0739466   0.107123    0.0690412
F3D150      0.129557    0.277624    0.0840909   0.128305    0.0863231   0.140256    0.145381    0.0744572   0.13672 0.113564    0.0659831
F3D2        0.133531    0.216587    0.160832    0.186833    0.176061    0.214934    0.215261    0.152591    0.205629    0.188325    0.156313    0.153841
F3D3        0.213102    0.305651    0.123818    0.113021    0.139376    0.148558    0.13853 0.174377    0.139851    0.126329    0.131294    0.166738    0.137784
F3D5        0.128668    0.185235    0.167733    0.205183    0.176585    0.224806    0.230984    0.14497 0.223492    0.18933 0.153624    0.148617    0.127574    0.192433
F3D6        0.139411    0.236633    0.135418    0.124848    0.134198    0.175098    0.166205    0.118905    0.166144    0.151842    0.120964    0.12724 0.0950943   0.119852    0.129523
F3D7        0.198884    0.315888    0.130385    0.0989168   0.131945    0.14625 0.126203    0.173689    0.128993    0.121373    0.140199    0.152123    0.152893    0.0906675   0.186674    0.111134
F3D8        0.178656    0.18783 0.205737    0.22104 0.219858    0.268701    0.2644  0.184943    0.268051    0.229503    0.1979  0.20035 0.164427    0.203089    0.119084    0.142398    0.185551
F3D9        0.153265    0.186706    0.196143    0.21504 0.20728 0.262127    0.255558    0.174563    0.2607  0.221969    0.192437    0.185154    0.13976 0.195538    0.0973901   0.127619    0.177605    0.0558726
Mock        0.653789    0.645344    0.633297    0.623553    0.633903    0.633135    0.63394 0.635815    0.645332    0.636453    0.629143    0.646918    0.663222    0.639517    0.649722    0.64073 0.654882    0.63988 0.646155

As this distance matrix come from a PCoA, what I want to do is to plot this distances in an ordination plot, maybe with R (as the outputs coming from nmds and pcoa commands.

Any idea on how to doing this?

Thanks a lot

2

Generally we only plot the PCoA, we don’t generate a distance matrix from it. I guess you could rerun this through pcoa to generate a new ordination and then plot that.

Pat