I couldn’t load the tgz file of the distances and names.
mothur is dying on several of my projects, but not on all of them. It’s running fine on our v6s, but I have several v5v6 that it is failing on. Since it only reads the distance columns and the names, I don’t see why the region would matter unless there is something caused by the longer read length, I just don’t see what it is. I tried running removing singletons from one of the projects, and I tried using slp to reduce the number of uniques, but neither worked.
Below is what mothur reported.
mothur v.1.7.2 Last updated: 12/04/2009
by
Patrick D. Schloss
Department of Microbiology & Immunology
University of Michigan
pschloss@umich.edu
http://www.mothur.org
When using, please cite:
Schloss, P.D., et al., Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities. Appl Environ Microbiol, 2009. 75(23):7537-41.
Distributed under the GNU General Public License
Type ‘help()’ for information on the commands that are available
Type ‘quit()’ to exit program
mothur > read.dist(column=endo.pw.dist3, cutoff=0.15, name=endo.names)
********************###########
Reading matrix: ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
It took 7913 secs to read
mothur > cluster(method=average,cutoff=0.10)
*** glibc detected *** mothur: double free or corruption (!prev): 0x00000002648e1670 ***
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6[0x3312877ec8]
/lib64/libc.so.6(cfree+0x76)[0x331287a486]
mothur[0x5b7df4]
mothur[0x547f0f]
mothur[0x54d1c8]
mothur[0x56618b]
mothur[0x57f96d]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xe6)[0x331281e576]
mothur[0x404379]
======= Memory map: ========
00400000-006ed000 r-xp 00000000 00:15 18526608 /automounts/shire/xraid2-1/bioware/linuxOpteron/mothur1.7.2/mothur
008ec000-008ee000 rw-p 002ec000 00:15 18526608 /automounts/shire/xraid2-1/bioware/linuxOpteron/mothur1.7.2/mothur
025e2000-a1dcee000 rw-p 025e2000 00:00 0 [heap]
3312400000-3312420000 r-xp 00000000 fd:00 67960844 /lib64/ld-2.9.so
331261f000-3312620000 r–p 0001f000 fd:00 67960844 /lib64/ld-2.9.so
3312620000-3312621000 rw-p 00020000 fd:00 67960844 /lib64/ld-2.9.so
3312800000-3312968000 r-xp 00000000 fd:00 67960850 /lib64/libc-2.9.so
3312968000-3312b68000 —p 00168000 fd:00 67960850 /lib64/libc-2.9.so
3312b68000-3312b6c000 r–p 00168000 fd:00 67960850 /lib64/libc-2.9.so
3312b6c000-3312b6d000 rw-p 0016c000 fd:00 67960850 /lib64/libc-2.9.so
3312b6d000-3312b72000 rw-p 3312b6d000 00:00 0
3312c00000-3312c84000 r-xp 00000000 fd:00 67961193 /lib64/libm-2.9.so
3312c84000-3312e83000 —p 00084000 fd:00 67961193 /lib64/libm-2.9.so
3312e83000-3312e84000 r–p 00083000 fd:00 67961193 /lib64/libm-2.9.so
3312e84000-3312e85000 rw-p 00084000 fd:00 67961193 /lib64/libm-2.9.so
3320200000-3320216000 r-xp 00000000 fd:00 67961195 /lib64/libgcc_s-4.3.2-20081105.so.1
3320216000-3320416000 —p 00016000 fd:00 67961195 /lib64/libgcc_s-4.3.2-20081105.so.1
3320416000-3320417000 rw-p 00016000 fd:00 67961195 /lib64/libgcc_s-4.3.2-20081105.so.1
3321e00000-3321eee000 r-xp 00000000 fd:00 2289568 /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.10
3321eee000-33220ee000 —p 000ee000 fd:00 2289568 /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.10
33220ee000-33220f5000 r–p 000ee000 fd:00 2289568 /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.10
33220f5000-33220f7000 rw-p 000f5000 fd:00 2289568 /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.10
33220f7000-332210a000 rw-p 33220f7000 00:00 0
7f62a8000000-7f62a8021000 rw-p 7f62a8000000 00:00 0
7f62a8021000-7f62ac000000 —p 7f62a8021000 00:00 0
7f62ae738000-7f62ae8ba000 rw-p 7f62ae738000 00:00 0
7f62aea3c000-7f62aea6c000 rw-p 7f62aea3c000 00:00 0
7f62aeace000-7f62aead1000 rw-p 7f62aeace000 00:00 0
7f62aeae3000-7f62aeae4000 rw-p 7f62aeae3000 00:00 0
7f62aeae6000-7f62aeae8000 rw-p 7f62aeae6000 00:00 0
7fffb6ad0000-7fffb6ae7000 rw-p 7ffffffe8000 00:00 0 [stack]
7fffb6bff000-7fffb6c00000 r-xp 7fffb6bff000 00:00 0 [vdso]
ffffffffff600000-ffffffffff601000 r-xp 00000000 00:00 0 [vsyscall]
./run_pwal: line 42: 13935 Aborted mothur “#read.dist(column=$1.pw.dist3, cutoff=0.15, name=$1.names);cluster(method=average,cutoff=0.10);summary.single(label=unique-0.03-0.06-0.10);rarefaction.single(label=unique-0.03-0.06-0.10);quit();”