Dear Mothur user
I have problem in combining MiSeq Illumina data from two different runs. I ran trim seq command but since many of the barcodes were same between two runs, trim seq command is disregarding many samples. As a result, though my two runs have a total of 522 samples, but after trim seq only 323 samples are coming. Details of the problem can be seen below.
Your help and advise will be highy appreciated.
thank you
Windows version
mothur v.1.41.1
Last updated: 11/26/18
mothur >
trim.seqs(fasta= merge.fasta, oligos=combined.oligos, checkorient=t)
Using 4 processors.
[WARNING]: barcode TACCGGAT is in your oligos file already, disregarding.
[WARNING]: barcode TACGCGAT is in your oligos file already, disregarding.
[WARNING]: barcode TAGGATCC is in your oligos file already, disregarding.
[WARNING]: barcode TATACGGC is in your oligos file already, disregarding.
[WARNING]: barcode TCACCACT is in your oligos file already, disregarding.
[WARNING]: barcode TAATCGCG is in your oligos file already, disregarding.
[WARNING]: barcode TACCGGTA is in your oligos file already, disregarding.
[WARNING]: barcode TACGCGTA is in your oligos file already, disregarding.
[WARNING]: barcode TAGCCGTA is in your oligos file already, disregarding.
[WARNING]: barcode TAGGATGG is in your oligos file already, disregarding.
and so on......................
Below is my oilgo file.
|Barcode|TAATCCGG|799F_1|
|---|---|---|
|Barcode|TACCATGG|799F_10|
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|BARCODE|TAGCATCG|799F_35|
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