Hi Sarah,
As requested in your last post, I compiled a set of 31 sequences for the forward and reverse files and ran the test data using the command:
mothur “#make.contigs(file=fastq.files.table, oligos=oligos.table, pdiffs=0, processors=3); summary.seqs()”
The content of all the necessary files are added below.
On 1.33.2, the files pass and I obtain a trim.contigs.fasta file that has sequences in it. In 1.34.4 (that came with Biolinux 8), my trim.contigs.fasta file remains empty.
Best wishes,
Kim
content of fastq.files.table:
primer GTGYCAGCMGCCGCGGTA CCCCGYCAATTCMTTTRAGT
barcode none none myGroup
content of oligo.table:
temp01 temp01_R1.fastq temp01_R2.fastq
R1.fastq:
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